El embrión de la Real Academia de Doctores de España fue la Federación Nacional de Doctores nacida en 1915 durante el primer Congreso Oficial de Doctores celebrado en el Paraninfo de la Universidad Central.

Los fines de la Federación eran la protección y el enaltecimiento del cuerpo doctoral español además de la cooperación al fomento de la cultura. Esto fines son idénticos, en su esencia, a los actuales de la Real Academia de Doctores.

Es en 1922 cuando comienza sus actividades la Academia de Doctores de Madrid, que tuvo desde su comienzo el apoyo de dos importantes personajes de la época, por un aparte el rey Alfonso XIII y por otra el rector de la Universidad Central D. José Carracido, miembro de la Academia desde su inicio. Su primer presidente D. Ignacio Bauer Landauer había formado parte, como secretario adjunto, de la junta directiva de la Federación de Doctores.

Posteriormente pasa a denominarse Academia de Doctores al reconocer a todas las universidades españolas el derecho a expedir el título de Doctor. El carácter oficial de la Academia se lo concede el Ministerio de Educación Nacional por Orden de 9 de julio de1959.

En 1984 el rey Juan Carlos I ratifica la condición de Real de la Academia pasando entonces a denominarse Real Academia de Doctores, nombre con el que continúa hasta 2005 fecha en que se publican en el BOE los últimos estatutos con nombre definitivo de Real Academia de Doctores de España.